[ bondtypes ] ; i j func b0 kb C O 1 0.12300 502080. C OM 1 0.12500 418400. C OA 1 0.13600 376560. C N 1 0.13300 418400. C NT 1 0.13300 376560. C NL 1 0.13300 376560. CH1 OA 1 0.14300 334720. CH1 N 1 0.14700 376560. CH1 NT 1 0.14700 376560. CH1 NL 1 0.14700 376560. CH1 C 1 0.15300 334720. CH1 CH1 1 0.15300 334720. CH2 OM 1 0.14300 376560. CH2 OA 1 0.14300 334720. CH2 N 1 0.14700 376560. CH2 NT 1 0.14700 376560. CH2 NL 1 0.14700 376560. CH2 C 1 0.15300 334720. CH2 CH1 1 0.15300 334720. CH2 CH2 1 0.15300 334720. CH3 N 1 0.14700 376560. CH3 C 1 0.15300 334720. CH3 CH1 1 0.15300 334720. CH3 CH2 1 0.15300 334720. CR51 NR5 1 0.13300 418400. CR51 NR5* 1 0.13300 418400. CR61 CH2 1 0.13900 418400. CR61 CR61 1 0.13900 418400. CB O 1 0.12300 502080. CB OA 1 0.13600 376560. CB NT 1 0.13300 376560. CB NR5 1 0.13300 418400. CB NR5* 1 0.13300 418400. CB NP 1 0.13800 418400. CB C 1 0.15300 334720. CB CH2 1 0.15300 334720. CB CH3 1 0.15300 334720. CB CR51 1 0.13300 418400. CB CR61 1 0.13900 418400. CB CB 1 0.13900 418400. CHE O 1 0.12300 502080. CHE OA 1 0.13600 376560. CHE NT 1 0.13300 376560. CHE NR5 1 0.13300 418400. CHE NR5* 1 0.13300 418400. CHE NP 1 0.13800 418400. CHE C 1 0.15300 334720. CHE CH2 1 0.15300 334720. CHE CH3 1 0.15300 334720. CHE CR51 1 0.13300 418400. CHE CR61 1 0.13900 418400. CHE CB 1 0.13900 418400. CHE CHE 1 0.13900 418400. H N 1 0.10000 374468. H NT 1 0.10000 374468. H NL 1 0.10000 374468. H NR5* 1 0.10000 374468. HO OA 1 0.10000 313800. HW OW 1 0.10000 418400. S O 1 0.15000 376560. S CH2 1 0.18300 376560. S CH3 1 0.17800 376560. S HS 1 0.13300 313800. S S 1 0.20400 418400. FE NR5 1 0.19800 418400. FE NP 1 0.20900 418400. NZ C 1 0.13400 376560. NZ H 1 0.10000 374468. NE C 1 0.13400 376560. NE CH2 1 0.14700 376560. NE H 1 0.10000 374468. P OM 1 0.14800 376560. P OA 1 0.16100 251040. OS CH2 1 0.14300 251040. OS P 1 0.16100 251040. CS1 OA 1 0.14300 251040. CS1 NR5* 1 0.14800 251040. CS1 CH2 1 0.15300 251040. CS1 OS 1 0.14350 251040. CS1 CS1 1 0.15200 251040. NR6 CR61 1 0.13200 418400. NR6 CB 1 0.13400 418400. NR6 CHE 1 0.13400 418400. NR6* CH2 1 0.14800 334720. NR6* CH3 1 0.14800 334720. NR6* CR61 1 0.14000 334720. NR6* CB 1 0.14000 334720. NR6* CHE 1 0.14000 334720. NR6* H 1 0.10000 374468. NR6* CS1 1 0.14800 334720. CS2 OA 1 0.14300 251040. CS2 CR61 1 0.13900 334720. CS2 CB 1 0.13900 334720. CS2 CHE 1 0.13900 334720. CS2 OS 1 0.14350 251040. CS2 CS1 1 0.15200 251040. CS2 NR6* 1 0.14000 334720. SI CH1 1 0.18700 251040. SI OS 1 0.16300 251040. F C 1 0.13600 418400. CR5 HCR 1 0.10800 292880. CR6 HCR 1 0.10800 292880. CB CR6 1 0.13900 418400. CHE CR6 1 0.13900 418400. CR51 CR51 1 0.13300 418400. NR6 CH2 1 0.13400 418400. ; NR6* CH2 1 0.13400 418400. NR6* CR5 1 0.13400 418400. CB CR5 1 0.13900 418400. CHE CR5 1 0.13900 418400. CR5 NR5 1 0.13300 418400. CR5 NR5* 1 0.13300 418400. CR6 CH2 1 0.13900 418400. CR6 CR6 1 0.13900 418400. CP2 CP2 1 0.15300 334720. CP3 CP2 1 0.15300 334720. C CP2 1 0.15300 334720. OS C 1 0.14350 251040. CH1 OS 1 0.14350 251040. OM S 1 0.15000 376650. ; get the constraint distances: #include "ff_dum.itp" [ constrainttypes ] ; now the constraints for the rigid NH3 groups MNH3 C 2 DC_MNC1 MNH3 CB 2 DC_MNC1 MNH3 CHE 2 DC_MNC1 MNH3 CH1 2 DC_MNC2 MNH3 CH2 2 DC_MNC2 MNH3 MNH3 2 DC_MNMN ; and the angle-constraints for OH and SH groups in proteins: CH2 HS 2 DC_CS CH2 HO 2 DC_CO CH1 HO 2 DC_CO CB HO 2 DC_CO C HO 2 DC_CO P HO 2 DC_PO [ angletypes ] ; i j k func th0 cth HO OA C 1 109.500 397.480 HO OA CH1 1 109.500 397.480 HO OA CH2 1 109.500 397.480 HO OA CB 1 109.500 397.480 HO OA CHE 1 109.500 397.480 P OA HO 1 109.500 397.480 CS1 OA HO 1 109.500 397.480 CS2 OA HO 1 109.500 397.480 HW OW HW 1 109.500 502.080 CH1 N C 1 122.000 502.080 CH2 N C 1 122.000 502.080 CH2 N CH1 1 116.000 502.080 CH3 N C 1 117.000 502.080 CH3 N CH1 1 125.000 502.080 CH3 N CH2 1 125.000 502.080 H N C 1 123.000 292.880 H N CH1 1 115.000 376.560 H N CH2 1 115.000 376.560 H N CH3 1 120.000 376.560 H NT C 1 120.000 292.880 H NT CH1 1 120.000 376.560 H NT CH2 1 120.000 376.560 H NT CB 1 120.000 292.880 H NT CHE 1 120.000 292.880 H NT H 1 120.000 334.720 H NL C 1 109.500 376.560 H NL CH1 1 109.500 376.560 H NL CH2 1 109.500 376.560 H NL H 1 109.500 334.720 CR51 NR5 CR51 1 108.000 418.400 CB NR5 CR51 1 108.000 418.400 CHE NR5 CR51 1 108.000 418.400 FE NR5 CR51 1 125.000 251.040 CR51 NR5* CR51 1 108.000 418.400 CB NR5* CR51 1 108.000 418.400 CHE NR5* CR51 1 108.000 418.400 CS1 NR5* CR51 1 126.000 418.400 CS1 NR5* CB 1 126.000 418.400 CS1 NR5* CHE 1 126.000 418.400 H NR5* CR51 1 126.000 376.560 H NR5* CB 1 126.000 376.560 CB NP CB 1 108.000 418.400 FE NP CB 1 126.000 418.400 H NR5* CHE 1 126.000 376.560 CB NP CHE 1 108.000 418.400 FE NP CHE 1 126.000 418.400 CHE NP CHE 1 108.000 418.400 OM C OM 1 126.000 502.080 OA C O 1 124.000 502.080 N C O 1 124.000 502.080 NT C O 1 124.000 502.080 NL C O 1 124.000 502.080 CH1 C O 1 121.000 502.080 CH1 C OM 1 117.000 502.080 CH1 C OA 1 115.000 502.080 CH1 C N 1 115.000 502.080 CH1 C NT 1 115.000 502.080 CH2 C O 1 121.000 502.080 CH2 C OM 1 117.000 502.080 CH2 C OA 1 115.000 502.080 CH2 C N 1 115.000 502.080 CH2 C NT 1 115.000 502.080 CH2 C NL 1 115.000 502.080 CH3 C O 1 121.000 502.080 CH3 C N 1 115.000 502.080 CB C O 1 121.000 502.080 CB C N 1 115.000 502.080 CB C NT 1 115.000 502.080 CHE C O 1 121.000 502.080 CHE C N 1 115.000 502.080 CHE C NT 1 115.000 502.080 NZ C NZ 1 120.000 502.080 NE C NZ 1 120.000 502.080 C CH1 N 1 109.500 460.240 C CH1 NT 1 109.500 460.240 C CH1 NL 1 109.500 460.240 CH1 CH1 OA 1 109.500 460.240 CH1 CH1 N 1 109.500 460.240 CH1 CH1 NT 1 109.500 460.240 CH1 CH1 NL 1 109.500 460.240 CH1 CH1 C 1 109.500 460.240 CH1 CH1 CH1 1 111.000 460.240 CH2 CH1 OA 1 109.500 460.240 CH2 CH1 N 1 109.500 460.240 CH2 CH1 NT 1 109.500 460.240 CH2 CH1 NL 1 109.500 460.240 CH2 CH1 C 1 109.500 460.240 CH2 CH1 CH1 1 111.000 460.240 CH2 CH1 CH2 1 109.500 460.240 CH3 CH1 OA 1 111.000 460.240 CH3 CH1 N 1 109.500 460.240 CH3 CH1 NT 1 109.500 460.240 CH3 CH1 NL 1 109.500 460.240 CH3 CH1 C 1 109.500 460.240 CH3 CH1 CH1 1 111.000 460.240 CH3 CH1 CH2 1 111.000 460.240 CH3 CH1 CH3 1 111.000 460.240 SI CH1 CH3 1 109.500 460.240 C CH2 N 1 109.500 460.240 C CH2 NT 1 109.500 460.240 C CH2 NL 1 109.500 460.240 CH1 CH2 OA 1 109.500 460.240 CH1 CH2 N 1 109.500 460.240 CH1 CH2 C 1 111.000 460.240 CH1 CH2 CH1 1 109.500 460.240 CH2 CH2 OM 1 109.500 460.240 CH2 CH2 OA 1 109.500 460.240 CH2 CH2 N 1 109.500 460.240 CH2 CH2 NT 1 109.500 460.240 CH2 CH2 NL 1 109.500 460.240 CH2 CH2 C 1 111.000 460.240 CH2 CH2 CH1 1 111.000 460.240 CH2 CH2 CH2 1 111.000 460.240 CH3 CH2 OM 1 109.500 460.240 CH3 CH2 OA 1 111.000 460.240 CH3 CH2 CH2 1 111.000 460.240 CH3 CH2 CH1 1 111.000 460.240 CB CH2 OM 1 109.500 460.240 CB CH2 CH1 1 111.000 460.240 CB CH2 CH2 1 111.000 460.240 CHE CH2 OM 1 109.500 460.240 CHE CH2 CH1 1 111.000 460.240 CHE CH2 CH2 1 111.000 460.240 S CH2 CH1 1 113.000 460.240 S CH2 CH2 1 113.000 460.240 NE CH2 CH2 1 109.500 460.240 OS CH2 CH1 1 111.000 460.240 NR6* CH2 CH1 1 111.000 460.240 NR6* CH2 CB 1 109.500 460.240 NR6* CH2 CHE 1 109.500 460.240 NR6* CH2 CS1 1 109.500 460.240 NR5* CR51 NR5 1 108.000 418.400 NR5* CR51 NR5* 1 108.000 418.400 CB CR51 NR5 1 108.000 418.400 CB CR51 NR5* 1 108.000 418.400 CHE CR51 NR5 1 108.000 418.400 CHE CR51 NR5* 1 108.000 418.400 CR61 CR61 CR61 1 120.000 418.400 CB CR61 CH2 1 126.000 418.400 CB CR61 CR61 1 120.000 418.400 CB CR61 CB 1 120.000 418.400 CHE CR61 CH2 1 126.000 418.400 CHE CR61 CR61 1 120.000 418.400 CHE CR61 CB 1 120.000 418.400 NR6 CR61 CB 1 120.000 418.400 NR6 CR61 CHE 1 120.000 418.400 NR6 CR61 NR6 1 120.000 418.400 NR6* CR61 CR61 1 120.000 418.400 NR6* CR61 CB 1 120.000 418.400 NR6* CR61 CHE 1 120.000 418.400 CS2 CR61 CR61 1 120.000 418.400 CH2 CB NR5 1 126.000 418.400 CH2 CB NR5* 1 126.000 418.400 CR51 CB NR5 1 108.000 418.400 CR51 CB NR5* 1 108.000 418.400 CR51 CB CH2 1 126.000 418.400 CR61 CB OA 1 120.000 418.400 CR61 CB NT 1 120.000 418.400 CR61 CB NR5* 1 132.000 418.400 CR61 CB NP 1 126.000 418.400 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418.400 OM S OM 1 109.500 520.000 [ dihedraltypes ] ; i l func q0 cq NR5* NR5 2 0.000 167.360 NR5* NR5* 2 0.000 167.360 C O 2 0.000 167.360 C OM 2 0.000 167.360 C NT 2 0.000 167.360 CH1 OA 2 35.264 334.720 CH1 CH1 2 35.264 334.720 CH2 N 2 0.000 167.360 CH2 NT 2 0.000 167.360 CH2 C 2 0.000 167.360 CH2 CH1 2 35.264 334.720 CH3 CH1 2 35.264 334.720 CR51 NR5 2 0.000 167.360 CR51 NR5* 2 0.000 167.360 CR51 CR51 2 0.000 167.360 CR61 CR61 2 0.000 167.360 CB O 2 0.000 167.360 CB OA 2 0.000 167.360 CB NT 2 0.000 167.360 CB NR5 2 0.000 167.360 CB NR5* 2 0.000 167.360 CB NP 2 0.000 167.360 CB C 2 0.000 167.360 CB CH2 2 0.000 167.360 CB CH3 2 0.000 167.360 CB CR51 2 0.000 167.360 CB CR61 2 0.000 167.360 CB CB 2 0.000 167.360 CHE O 2 0.000 167.360 CHE OA 2 0.000 167.360 CHE NT 2 0.000 167.360 CHE NR5 2 0.000 167.360 CHE NR5* 2 0.000 167.360 CHE NP 2 0.000 167.360 CHE C 2 0.000 167.360 CHE CH2 2 0.000 167.360 CHE CH3 2 0.000 167.360 CHE CR51 2 0.000 167.360 CHE CR61 2 0.000 167.360 CHE CB 2 0.000 167.360 CHE CHE 2 0.000 167.360 H N 2 0.000 167.360 H NT 2 0.000 167.360 H NL 2 35.264 334.720 H NR5* 2 0.000 167.360 FE NP 2 0.000 167.360 NZ C 2 0.000 167.360 NE C 2 0.000 167.360 NE H 2 0.000 167.360 CS1 NR5* 2 0.000 167.360 CS1 CH2 2 35.264 334.720 CS1 CB 2 0.000 167.360 CS1 CHE 2 0.000 167.360 CS1 CS1 2 35.264 334.720 NR6 CR61 2 0.000 167.360 NR6 CB 2 0.000 167.360 NR6 CHE 2 0.000 167.360 NR6 NR6 2 0.000 167.360 NR6* CH2 2 0.000 167.360 NR6* CH3 2 0.000 167.360 NR6* CR61 2 0.000 167.360 NR6* CB 2 0.000 167.360 NR6* CHE 2 0.000 167.360 NR6* H 2 0.000 167.360 NR6* CS1 2 0.000 167.360 NR6* NR6 2 0.000 167.360 NR6* NR6* 2 0.000 167.360 CS2 CB 2 0.000 167.360 CS2 CHE 2 0.000 167.360 CS2 CS1 2 35.264 334.720 CS2 NR6* 2 0.000 167.360 SI CH1 2 35.264 334.720 C CH1 2 0.000 167.360 NR6 C 2 0.000 167.360 C C 2 0.000 167.360 C NR6* 2 0.000 167.360 NR6 CH2 2 0.000 167.360 CR5 HCR 2 0.000 167.360 CR6 HCR 2 0.000 167.360 CR5 CR5 2 0.000 167.360 CB CR5 2 0.000 167.360 CHE CR5 2 0.000 167.360 NR6 CR5 2 0.000 167.360 NR6* CR5 2 0.000 167.360 CR5 NR5 2 0.000 167.360 CR5 NR5* 2 0.000 167.360 CR5 CR5 2 0.000 167.360 CB CR5 2 0.000 167.360 CB CR6 2 0.000 167.360 CHE CR5 2 0.000 167.360 CHE CR6 2 0.000 167.360 CR6 CR6 2 0.000 167.360 OS C 2 0.000 167.360 C O 2 0.000 167.360 CH1 OS 2 35.264 334.720 CH1 OA 2 35.264 334.720 [ dihedraltypes ] ; j k func phi0 cp mult C OA 1 180.000 16.736 2 C N 1 180.000 33.472 2 C NT 1 180.000 33.472 2 C NL 1 0.000 3.766 3 CH1 OA 1 0.000 1.255 3 CH1 N 1 180.000 0.418 6 CH1 NT 1 0.000 3.766 6 CH1 NL 1 0.000 3.766 3 CH1 C 1 0.000 0.418 6 CH1 CH1 1 0.000 5.858 3 CH2 OA 1 0.000 1.255 3 CH2 N 1 180.000 0.418 6 CH2 NT 1 0.000 3.766 6 CH2 NL 1 0.000 3.766 3 CH2 C 1 0.000 0.418 6 CH2 CH1 1 0.000 5.858 3 CH2 CH2 1 0.000 5.858 3 CB OA 1 180.000 7.113 2 CB NT 1 180.000 33.472 2 CB C 1 180.000 5.858 2 CB CH2 1 0.000 0.418 6 CB CR61 1 180.000 41.840 2 CHE OA 1 180.000 7.113 2 CHE NT 1 180.000 33.472 2 CHE C 1 180.000 5.858 2 CHE CH2 1 0.000 0.418 6 CHE CR61 1 180.000 41.840 2 S CH2 1 0.000 2.929 3 S S 1 0.000 16.736 2 FE NR5 1 0.000 0.000 4 NZ C 1 180.000 33.472 2 NE C 1 180.000 33.472 2 NE CH2 1 180.000 0.418 6 ; two or three dihedral potentials are needed over some bonds, ; put the parameters in your topology manually ; P OA 1 0.000 1.046 3 ; P OA 1 0.000 3.138 2 OS CH2 1 0.000 3.766 3 ; OS P 1 0.000 1.046 3 ; OS P 1 0.000 3.138 2 CS1 OA 1 0.000 1.255 3 CS1 NR5* 1 0.000 0.000 2 CS1 CH2 1 0.000 5.858 3 CS1 OS 1 0.000 3.766 3 ; CS1 CS1 1 0.000 5.858 3 ; CS1 CS1 1 0.000 0.418 2 ; CS1 CS1 1 0.000 2.092 2 NR6 CB 1 180.000 33.472 2 NR6 CHE 1 180.000 33.472 2 NR6* CH2 1 0.000 0.418 6 NR6* CB 1 180.000 33.472 2 NR6* CHE 1 180.000 33.472 2 NR6* CS1 1 0.000 0.000 2 CS2 OA 1 0.000 1.255 3 CS2 OS 1 0.000 3.766 3 ; CS2 CS1 1 0.000 5.858 3 ; CS2 CS1 1 0.000 0.418 2 ; CS2 CS1 1 0.000 2.092 2 SI CH1 1 0.000 5.858 3 SI OS 1 0.000 3.766 3 C CP2 1 0.000 0.418 6 CH1 OS 1 0.000 3.766 3 C OS 1 0.000 3.766 3 CP2 CP2 1 0.000 0.418 6 [ dihedraltypes ] CP2 CP2 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495 CH2 CH2 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495 #define ANG_180_0 180 0 #define DIH_0_0_2 0 0 2